Ninjutsu ist die Kampfklunst der Ninja und entstand in der Muromachi-Zeit, wurde aber bis zur Sengoku Zeit immer weiterentwickelt. Das Ziel des Ninjutsu ist nicht, den Gegner umzubringen, sondern nur ihn zu verletzen, und sich selbst davonzustehlen - ein Großteil der Aufgaben der Ninja besteht denn auch in Spionagearbeit. 

Im Ninjutsu werden verschiedene Waffen eingesetzt wie z.B. Werfwaffen aus Metall,  um den Gegner zu verletzen, oder Schießpulver. Das Katana der Ninja ist speziell, es ist kleiner, um besser getragen werden zu können und heißt Shinobigatana.